Chiyo Mihama, una niña prodigio de diez años, se encuentra luchando por adaptarse en la escuela secundaria junto a un grupo de chicas que son cinco años mayores que ella: Osaka, Tomo, Kagura, Yomi y Sakaki. Junto a su profesor, tendrán que enfrentar las dificultades y disfrutar de los momentos divertidos de la escuela secundaria en Azumanga Daiou The Animation.