La historia se desarrolla en Heavenly Host Elementary School, una escuela primaria que fue demolida tras los asesinatos y desapariciones de varios de sus empleados y estudiantes. Al comienzo de la historia, otra escuela llamada Kisaragi Academy se construyó sobre el sitio de la escuela primaria. Una noche, un grupo de estudiantes de Kisaragi están contando historias de fantasmas cuando un terremoto repentino los transporta a otra dimensión donde Heavenly Host Elementary todavía existe y es perseguida por los fantasmas de los niños asesinados de la escuela. Los estudiantes de la Academia Kisaragi intentan encontrar su camino a casa y sobrevivir a las otras fuerzas misteriosas que acechan la escuela.