En 2015, la Organización de Seguridad Chaldea protege a la humanidad y monitorea el mundo futuro de la magia y la ciencia. Pero el fin de la humanidad está cerca y la causa se desconoce. Pequeñas pistas llevan al nuevo recluta Ritsuka Fujimaru y a la misteriosa Mash Kyrielight a viajar en el tiempo para investigar a Fuyuki en 2004. ¿Encontrarán la causa de la extinción de la raza humana y salvarán a la humanidad?