La Guerra del Santo Grial es una batalla real entre los siete magos que sirven como Maestros. Los Maestros, mediante el uso de los sellos de comando que reciben cuando entran a la guerra, ordenan a los Espíritus Heroicos conocidos como Servidores que luchen por ellos en la batalla. En la Quinta Guerra del Santo Grial, Rin Toosaka se encuentra entre los magos que ingresan a la competencia. Con su sirvienta, Archer, espera obtener el premio definitivo: el Santo Grial, un artefacto mágico capaz de conceder cualquier deseo a su titular. Una de las compañeras de clase de Rin, Emiya Shirou, ingresa accidentalmente a la competencia y termina al mando de su propio sirviente conocido como Sabre. Mientras se enfrentan a enemigos mutuos, Rin y Shirou deciden formar una alianza temporal mientras desafían a sus oponentes en la Guerra del Santo Grial.