Hace mucho, mucho tiempo, una catástrofe épica, conocida como Invertia, causó un cambio completo en el equilibrio de poder del mundo. En los años posteriores a este desastre, un grupo conocido como Integrated Enterprise Foundation se alzó con el poder. Además de este cambio masivo, también surgió una nueva raza de humanos nacidos con increíbles habilidades físicas conocidas como Genestella y se unió a las filas de la humanidad. Gakusen Toshi Asterisk sigue la historia de Ayato Amagiri, un estudiante que acaba de ser transferido a una de las seis escuelas más elitistas para estudiantes de Genestella en el mundo, la Academia Seidoukan, donde los estudiantes aprenden a controlar sus poderes y duelos entre sí en batallas de entretenimiento conocidas. como las festas. Desafortunadamente, Ayato tuvo un comienzo difícil.