En el Japón del año 2071. La Tierra ha sido arrasada por criaturas conocidas como Aragami, conjunción de millones de Oracle Cells, células inteligentes y hambrientas gobernadas por un núcleo, cuya única función biológica es consumir cualquier cosa: edificios, máquinas, animales, plantas.

Solo algo se interpone entre los Aragami y la extinción de toda forma de vida conocida en la Tierra: Una organización anti-Aragami llamada Fenrir la cual contrata a unos guerreros llamados Gods Eaters (Devoradores de Dioses), cazadores de Aragami capaces de empuñar unas armas llamadas God Arc, un tipo de arma biológica especializada hecha a partir de las mismas Oracle Cells (en esencia, Aragami artificiales). Debido al tamaño y peso del God Arc, los Gods Eaters deben tener una pulsera unida quirúrgicamente a su muñeca, con el fin de hacerla funcionar.