La heroína, Ruka, a quien se le prohibió participar en las actividades de su club durante las vacaciones de verano, se encuentra con un misterioso chico llamado Umi. A ella le fascina verlo, sobre todo porque el chico suele nadar libremente dentro del acuario en el que su padre trabaja, y descubre que el chico, junto con Sora, fueron criados por un dugón. En ese momento, un meteorito cae en el mar, y todos los peces alrededor del mundo comienzan a desaparecer. El misterio de lo que ocurre dentro del mar se vuelve cada vez más inmenso y será trabajo de estos tres chicos averiguar qué es lo que está ocurriendo ahí, en las profundidades del océano.