Kono Subarashii Sekai ni Bakuen wo! sigue la historia de Megumin y Yunyun en su búsqueda para derrotar a una misteriosa figura que ha estado robando magia en su ciudad natal. A medida que avanzan en su misión, se encuentran con personajes conocidos de la serie principal, como Kazuma y Aqua, y también con nuevos personajes. Los personajes se verán envueltos en situaciones absurdas y divertidas mientras luchan contra los enemigos y completan misiones.