La historia nos traslada a Tokio y la protagonizará Anemone, una chica que perdió a su padre en una batalla que se produjo en Tokio siete años antes del inicio de la historia del filme y quedándose sola con su peluche GUlliver y la IA Dominikids para darle apoyo emocional. Ahora es parte clave de cierto plan de la unidad experimental Acid para combatir al séptimo Eureka, \"Eureka Seven\", un enemigo de la humanidad que ya ha matado a 2,600 millones de personas. Llevada al extremo, la humanidad pone todas sus esperanzas en Anemone cuando esta se introduce en el interior del Eureka Seven.