Año 0097 del Universal Century. A pesar de la apertura de la Caja de Laplace y la revelación de la constitución de esta era, en la que se reconocía la existencia de los Newtype y sus derechos, el mundo sigue prácticamente igual.
Tras la destrucción de los herederos de Neo Zeon, los conocidos como Sleeves, parece que el \"Incidente Laplace\" ha finalizado. Durante la batalla final, dos mobile suits equipados con Psycho Frames mostraron un poder más allá de lo imaginable. La amenaza del Unicornio Blanco y el Leon Negro se sellaron de la conciencia de la humanidad con la esperanza de ser olvidados.
No obstante, el RX-0 Unicorn Gundam 03, que se presumía perdido hace ya dos años, ha sido visto. Su nombre en clave es Phenex, el pájaro inmortal dorado.
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