Yato y Yukine finalmente han arreglado su relación como dios y Regalia, y todos han regresado a su vida diaria. Yato sigue siendo una deidad menor y desconocida que continúa realizando trabajos ocasionales durante cinco yenes con la esperanza de que algún día tenga millones de fieles y su propio gran santuario. Hiyori Iki aún no ha arreglado su alma perdida por Yato, pero ella disfruta de la vida y, no obstante, se prepara para asistir a la escuela secundaria.
Inmediatamente después de la primera temporada, Noragami Aragoto se adentra en el complicado pasado entre Yato y el dios de la guerra Bishamon. El dios femenino tiene un misterioso rencor contra Yato, que a menudo resulta en enfrentamientos violentos entre ellos. No ayuda que la Regalia más querida y de confianza de Bishamon, Kazuma, parezca estar en deuda con Yato. Cuando hay vidas en la línea, desentrañar estos misterios y otros puede ser la única forma de corregir errores pasados.