La historia sigue a Suzume, una chica de 17 años de un tranquilo pueblo de Kyushu que conoce a un joven que busca una puerta. Encuentran una puerta entre unas ruinas en la montaña, y Suzume la abre. Pronto, más puertas comienzan a abrirse alrededor de Japón, trayendo desastres desde el otro lado. La película muestra la liberación y el crecimiento de Suzume, que cierra las puertas que están causando desastres.