En la ciudad de Den City, miles de duelistas participan en un espacio de realidad virtual conocido como Link Vrains, donde los usuarios pueden crear avatares únicos y participar en juegos de Duel Monsters entre ellos. Mientras una misteriosa organización de hackers conocida como los Caballeros de Hanoi amenaza este mundo, un estudiante de secundaria llamado Yusaku Fujiki lucha contra ellos bajo la apariencia de Playmaker.